Los itinerarios de 3º y 4º de la ESO impartidos en este cenro están cofinanciados por el Fondo Social Europeo
En el centro IES Juan Bosco imparte la educación secundaria obligatoria en dos modalidades, una ordinaria con todas las materias impartidas en castellano, y otra con Proyecto Bilingüe en la que varias asignaturas se imparten en inglés. Cada alumno podrá elegir hacer la ESO con o sin Proyecto Bilingüe en inglés.